Чем отличается договор аренды квартиры двух физических лиц, от договора через риэлторов ?

Ну во-первых между физлицами заключается не договор аренды, а договор найма жилого помещения, и если он грамотно составлен у юриста то никаких проблем у вас не будет. Риэлтор это просто посредник - не более того, и никакого воздействия на юридическую сторону вопроса он не имеет.