Один из трех собственников не хочет продавать квартиру, что делать?

Доли "автоматически" никуда и никому не "переходят".
непонятно в собственности ли квартира, у кого именно и в каких долях. а то может муниципальная квартира вообще.
если у отца была доля собственности в этой квартире, то нужно было наследникам по завещанию или по закону в установл. законом сроки принять наследство, получить свидет. о праве на наследство и на его основании зарегить переход права собственности на долю в жилом помещении.
сдается мне, что этого наследник (ки) не сделали, раз вы рассуждаете об "автоматическом переходе долей".
так что для начала можно порекомендовать выяснить у кого в собственности квартира ( и в каких долях) , была ли умершего доля собственности в этой квартире, определить круг наследников первой очереди (полагаем, что завещания не было) , из них определить тех, кто факт. принял наследство: совм. проживал и зареген был по месту жительства с наследодателем. и там же сейчас, и/или в долевой собственности с наследодателем имущество. и этим наследникам первой очереди отправляться к нотариусу просить выдать свидет. о праве на наследство, заявив, что фактическои приняли наследство в установл. законом срок- в течение 6 мес. с даты открытия наследства.
полагаю, что это м. б. вдова умершего (ваша мать) , вы, и ваш брат, раз вы трое в этой квратире были зарегены и зарегены до сих пор.
соотв. вам всем троим наследникам - долю отца поровну на троих. получите свид. о праве собственности, будете иметь правомочия собственников. сможете подумать, как продать квартиру, как единый объект или долями по отд. договорам одновременно и одному покупателю, или отд. доли с соблюд. права преимущ. выкупа сособственниками, и на выруч. деньги с добавл. собственных и\или заемных- купить отд. жилые помещения, или иначе деньги использовать, если имеются в собственности иные жилые помещ. или доли в них- для проживания.