Сейчас хочу исп мат капитал. вопрос в том что потом если с сестрой будем делить то выходит будут проблемы?

Маткапитал можно использовать на улучш. жилищ. условий семье.
если жене в собственность купили по ипот. договору квартиру, и есть сертификат на маткапитал у нее, то можете погасить маткапиталом часть задолженности по ипот. кредиту, обязательство вы и жена дадите пф- оформить в собственность всех членов семьи- супругов и детей с определ. размера долей соглашением эту квартиру после расчетов по кредиту и снятия обременения.
так и сделаете.
можете себе и жене больше доли, а детям- меньше, законом не предусмотрено, что равные доли всем нужно выделять.
уж не знаю, при чем тут ваша сестра. возможно она тоже немалую сумму вложила уже (первонач. взнос) и вложит еще по платежам по кредиту. возможно у вас договоренность- это был инвестиционный проект- купить вместе и потом продать дороже. и очевидно, по вашим коментам, что вы хотите с сестрой рассчитаться, продав квартиру и отдав ей часть денег (половину?).
но это не так то просто.
придется исполнить обязательство, данное пф и в соственность вам. жене и детям оформить квартиру.
потом- продажа квартиры, в кот. доли несоверш. возможно с согласия органов опеки. а опека даст согласие. если несоверш. взамен приобретаются доли в ином жилом помещении. по площади не меньше. чем в продаваемом. в опеку нужно в подтверждение этого принести не только договор продажи, но и договор покупки др. квартиры. в кот. доли несоверш.). вы то с женой, можете деньги от продажи своих долей (или часть) потом сестре подарить, но на деньги от продажи долей детей (плюс возможно часть денег от ваших долей) придется им купить в собственность доли в ином жилом помещении. т. е. купить др. квартиру.
детям "выделить доли в своей квартире"- можете. договором дарения подарить, но это будет отдел. факт, не имеющий отношения к соблюдению прав несоверш. собственников при продаже их имущества недвижимого. детям нужно на эти деньги от продажи их недвиж. имущества именно купить такие же доли в собственность, или эти деньги положить на спецсчет с назначением потратить только на покупку долей в недвижимости.
-------------
не используйте маткапитал на погашение этого ипот. кредита, раз у вас именно такие планы относительно этой квартиры.