Я стою на очереди по улучшению жил. условий в одном городе, муж прописан в другом, считаются ли его квадратные метры?

Если муж зарегистрирован в другом жилом помещении и тем более в другом городе то он не является членом семьи и поэтому он не учитывается при определении вашей нуждаемости, он также не будет учитываться в случае предоставления вам жилья или субсидии.
да он может встать на учет в том городе где он зарегистрирован, но как гражданин не имеющий семьи или гражданин являющийся членом семьи тех граждан с которыми он совместно зарегистрирован.