Продаем квартиру в собств мене 3 лет по 1/2, за 3 млн, покупаем зем уч с ж/д (менее 3 л в собсвен) , в договоре 1 млн.

Неясно как продаете. одним договором, то тогда будете платить 3-1=2х13%
260 т. руб. и каждый заплатит соответственно его доле, т. е по 130 т. руб

в случае, если каждый собственник продает свою долю отдельным договором за 1.5 млн руб, то получаем 1.5 -1 =500 т. руб х13%=65 т. рублей

заплатит каждый из вас.