После подписания акта приема передачи, может ли компания выставить счет за квадратные метры

Да, может.
строительство не может обеспечить точную площадь квартиры. стенку при строительстве сместили на 2 см. (допускается по снипам), штукатурка не 2 см, а 1-4 см. кирпич использовали другой на 1 см уже. и в итоге площадь квартиры меняется на 2-3 м. кв. поэтому вам указывают фактическую площадь квартиры в акте. эта площадь подлежит оплате. по существующему договору.
точность это понятие еще и экономическое, чем выше точность. тем выше себестоимость. для строительства используемой точности достаточно.