Подскажите с выпиской не проживающего в квартире отца. я - собственник. у отца другая семья, там и проживает

Судя по вашему вопросу отец и мать были оба собственниками жилого помещения, а следовательно, отпадает вариант, что отец во время приватизации квартиры отказался от участия в приватизации - тогда бы вы не могли его снять с регистрационного учета. для снятия с регистрационного учета обратитесь в регистрирующий орган (ФМС) с заявлением (в свободной форме) о снятии с регистрационного учета отца. Вы как собственник вправе это сделать без ограничений. Если в регистрирующем органе откажут - тогда обжалуйте этот отказ через суд. Если дело дойдет до суда (что вряд ли), то в суде доказывайте, что отец там не проживает.