Какую часть квартиры может продать собственник?

Раз он единственный собственник, то всю квартиру целиком будет продавать. но у отказавшихся от приватизации останется право проживания в данной квартире, причем даже после ее продажи. и вряд ли кто согласится купить такую квартиру.
если же все эти гражданские родственники не имели отношения к приватизации и просто зарегистрированы собственником, то он их спокойно снимет с регистрации для продажи. или это сделает новый собственник. думаю, что у вас второй вариант и снять вас всех с регистрации не составит труда.
и учтите, что собственник при продаже никому из зарегистрированных ничего не должен: ни делиться вырученными с продажи деньгами, ни обеспечивать их в дальнейшем жильем.