Как собственнику выписать других людей из своей квартиры, если они фактически там проживают?

Вселяют в жилое помещение, а не на долю, и регят по месту жительства в жилом помещении, а не на доле.
вселение возможно с согласия всех сособственников.
если вы- один из сособственников и согласия на вселение не давали в письм. виде, то вселение незаконно, следовательно признавать их в суде неприобретшими право проживания и пользования с выселением и снятием с регучета.
если на вселение лица в жилое помещение не было получено письменного согласия собственников, то такое вселение следует рассматривать как незаконное и не порождающее у лица прав члена семьи собственника на жилое помещение. в таком случае собственник вправе предъявить к вселившемуся лицу требование об устранении нарушений своих жилищных прав и восстановлении положения, существовавшего до их нарушения (пункт 2 части 3 статьи 11 жк рф) , на которое исходя из аналогии закона (часть 1 статьи 7 жк рф) применительно к правилам, предусмотренным статьей 208 гк рф, исковая давность не распространяется. при удовлетворении названного требования лицо, незаконно вселившееся в жилое помещение, подлежит выселению без предоставления другого жилого помещения.