При покупке жилья на мат. капитал, дом оформлен на одну маму.

Раз сделка с участием маткапитала (с оформлением собственности только на маму) прошла госрегистрацию и продавцу были перечислены деньги, значит мама писала обязательство пенсионному фонду, что в такой-то срок обязуется оформить доли в данной квартире на всех членов семьи (в том числе на всех детей) .
теперь мама должна подарить всем остальным членам семьи доли от своей квартиры (не обязательно, чтобы у всех были равные-хоть по 1/10 доли-это законом позволяется) .
для этого нужно составить и подписать договор дарения. если сами не знаете, как это делается правильно-обратитесь к любому нотариусу и он вм все растолкует и сделает.
а по поводу суда росреестр что-то погорячился. или вы умудрились там что-то такое накосорезить, что без суда уже не разобраться.