Сертификат материнского капитала в одном городе. покупаем в другом. проживаем в третьем. возможно ли погасить не выезжая?

Придется ездить.
какой же это банк в др. городе предоставит ипот. кредит вам, если вы даже не приехали обратиться в банк за кредитом.
и ипотеч. договор и переход права по сделке будет региться по месту нахождения недвижимого имущества - в этом др. городе.
и пф в этом др. городе нужно будет обратиться с договором и свидет. о праве собсвтенности - подать заявление на перечисление маткапитала по этой сделке.