Можно ли приватизировать комнату без участия службы одного окна

Смотря какой город. в питере, например, можно это сделать через горжилобмен.
но у вас вопрос, похоже совсем в другом. у вас был отказ в приватизации. и дело тут не в одном окне, ведь при любой подаче заявления, договор подписывает администрация вашего города.
просто ваша ситуация непонятна-как так оказалось? на каком основании вы вселялись и прописывались в эту комнату? какой имеется на это документ? ордер, распоряжение какого-либо исполнительного органа или еще что-то? вот сначала в организации, выдавшей вам этот документ и разбирайтесь, как вас заселили в комнату, а квартира осталась отдельной.