Квартира менее 3-х лет в собственности, собственность общедолевая, 2 собственника.

Правильно.
чтобы не было вообще налога в этой ситуации, надо было отдельно вам и отдельно тете по отд. договорам продавать свои доли.
вы продали квартиру как единый объект недвижимости, поэтому стандартный налог. вычет 1 млн распредел. между сособственниками пропорц. доле собственности, т. е. вам 500 тыс и тете 500 тыс.
доходы у вас тетей по 600 тыс, 600 тыс. - 500 тыс. =100 тыс. руб- это налогобл. база.
13% с этой суммы- 13 тыс. руб.
так что что подавайте декларацию, заявл. станд. налог. вычет.