Нужно ли согласие бывшего супруга, не являющегося собственником, при продаже доли в квартире?

Для того, чтобы имущество считалось общим имуществом супругов недостаточно того факта, что оно приобреталось в период брака. надо еще, чтобы оно было приобретено за счет общих доходов супругов. а ваша доля, которую вы передаете дочери, была приобретена вами не за счет общих доходов супругов, а за счет мены на другую квартиру, которая вам принадлежала (совместно с дочерью) еще до этого брака. эта доля является вашей личной собственностью и на распоряжение ею никакое согласие супруга не требуется. так что ваша "юстиция" (видимо управление росреестра) неправа, но не исключено, что доказывать это (если в гос. регистрации будет отказано) вам придется в суде... удачи.