Я прописана в москве,но проживаю по другому адресу,в коммуналке,тоже в москве(в ней прописан мой брат).в другой комнате

Можно проживать где угодно. У граждан м.б. права собств/пользования в нескольких жилых помещениях. Но зарегиться можно только в одном. Ваше право решать, где вы будете региться. Обычно по месту преимуществ. проживания. С дяденькой не препираться ваще на эту тему. Если брат- собственник и вселил вас в качестве члена семьи собственника, то это право брата. А дяденька пусть решает кого ему и по каким основаниям вселять в его комнату, кот. он занимает на правах собственности или как наниматель по дог. соцнайма. И не лезет двумя ногами в правомочия др. лиц. Кроме того. у дяденьки нет и полномочий контролировать исполнение гражданами НПА о регистрации, если он не сотрудник ФМС. А ваша обязанность региться по месту проживания.