Можно ли на основании договора найма квартиры временно зарегистрировать себя и супругу?

Не можно, а это ваша ОБЯЗАННОСТЬ - зарегистрироваться по месту пребывания ! Более того, это и обязанность собственника жилого помещения - он должен допускать проживание нанимателей в принадлежащем ему жилом помещении без регистрации ! В противном случае, это административное правонарушение !